Die chemische Reinigung ist also die wichtigste Massnahme zur Entfernung der Rückstände, welche als unerwünschte Substanzen aus der Filtration resultieren – also der Beseitigung des irreversiblen Foulings.
Die Vielzahl von Reinigungschemikalien bietet einen Baukasten von fast unerschöpflichen Möglichkeiten das Fouling zu entfernen. Jedoch ist es – wie bei jeder guten Rezeptur – wichtig, die Wirkungsweise aller Inhaltsstoffe genau zu kennen und auch mögliche Wechselwirkungen nicht ausser Acht zu lassen. Per Definition gilt eine Membran wieder in ihren ursprünglichen Zustand zurückversetzt, wenn die Moleküle der Filtrationsrückstände auf bzw. in ihr nicht mehr nachweisbar sind.
Die Bestandteile und Inhaltsstoffe des Wassers können aber die Wirksamkeit der Reinigungskomponenten drastisch verändern.
Aufgrund der nur wenige Nanometer im Durchmesser messenden Kanäle bzw. Poren in der Membran können im Wasser befindliche Mineralien (Härtebildner) oder Mikroorganismen diese blockieren. Somit wird den im Wasser gelösten Reinigungschemikalien der Zugang zu den dort zu entfernenden (Schmutz-)Molekülen verwehrt.